由于制药企业的产品种类及产量日益增多，导致了废水种类及数量增多，并且水质和水量也非常不稳定，比如：水质各组分比例不稳定、成分复杂、有毒有害污染物浓度高、色度高、可生化性差及难降解物含量高等。因此，制药废水深度处理的难度越来越大，实现回用也越来越困难。 从2008年国家环保部发布《制药工业水污染物排放标准》要求以来，原料药行业的废水排放标准不断提高，企业排水若不能达标则将被要求停产整顿。具相关数据显示，能够达到制药行业水污染物排放新标准限值的制药企业数量相当少，其中化学合成类、发酵类、制剂类制药废水的达标率仅为9%、12%和30%。 1. 可生化降解的高浓度废水应进行常规预处理，难生化降解的高浓度废水应进行强化预处理。 2. 毒性大、难降解废水应单独收集、单独处理后再与其他废水混合处理。含氨氮高的废水宜物化预处理，回收氨氮后在进行生物脱氮。 3. 低浓度有机废水，直采用“好氧生化”或“水解酸化-好氧生化”工艺进行处理。 4. 接触病毒、活性细菌的生物工程类制药工艺废水应灭菌、灭活后再与其他废水混合，采用“二级生化-消毒”组合工艺进行处理。 5. 六价铬、总铅、总镍、总汞及总砷等水污染物应在车间处理达标，高含盐废水宜进行除盐处理后再进入污水处理系统。 6. 废水宜分类收集、分质处理，高浓度废水、含有药物活性成份的废水应进行预处理。企业向工业园区的公共污水处理厂或城镇排水系统排放废水，应达到国家或地方规定的排放标准。 在新常态的环保形势下，企业、行业的废水资源化利用出路，只能从自律开始，改变发展理念，调整产品结构，提高技术水平，实施绿色发展。2021年12月16-18日，"制药环保与洁净技术展(EP & Clean Tech China 2021) "将携手"CPhI & P-MEC China 2021"再次于上海新国际博览中心W3馆掀起一股强劲的制药环保与洁净新风。作为面向1,500+医药原料/中间体企业和100+生物制药企业的制药环保行业年度盛会，EP & Clean Tech China 2021将继续为您展示节能环保、循环利用、智能自动化的创新制药工艺设备和工程设计新系统。
